El núcleo institucional de desiguALdades.net está conformado por cuatro instituciones complementarias. La responsabilidad general de la red de investigación recae en el Lateinamerika-Institut (LAI) y en el Ibero-Amerikanisches Institut (IAI), que actúan como instituciones ejecutivas. Las dos otras instituciones son el Deutsches Institut für Entwicklungspolitik (DIE, Instituto Alemán de Política del Desarrollo) y el GIGA German Institute of Global and Area Studies (Leibniz-Institut für Globale und Regionale Studien). Ambas entidades tienen una larga experiencia en investigación sobre América Latina y en asesoramiento político. La secretaría ejecutiva de la red desiguALdades.net tiene su sede en el LAI.